Qログインに電子証明書を使用する場合は、スマートフォンアプリを使用したワンタイムパスワード入力は不要か。

電子証明書でのログインでは、電子証明書と電子証明書のパスワードを使用してログインが可能となるため、ワンタイムパスワードの入力は不要です。
ワンタイムパスワードによる多要素認証はログインID/パスワード方式でのログインでのみ利用します。